Thời phong kiến

Vào thời nhà Nguyễn độc lập, vùng đất quận Ninh Kiều ngày nay chính là địa bàn thôn Tân An và thôn Thới Bình. Hai thôn này ban đầu cùng thuộc tổng Định Bảo, huyện Vĩnh Định, phủ Tân Thành, tỉnh An Giang. Năm Minh Mạng thứ 20 (1839), hai thôn Tân An và Thới Bình vẫn thuộc tổng Định Bảo, tuy nhiên lại chuyển sang thuộc sự quản lý của huyện Phong Phú, phủ Tuy Biên, tỉnh An Giang. Lúc bấy giờ, ngoài việc gọi theo địa danh hành chính chính thức, thôn Tân An còn được gọi bằng địa danh tên Nôm phổ biến hơn là "Cần Thơ".

Thời Pháp thuộc

Sau khi chiếm hết được các tỉnh Nam Kỳ vào năm 1867, thực dân Pháp dần xóa bỏ tên gọi tỉnh An Giang cùng hệ thống hành chính phủ huyện cũ thời nhà Nguyễn, đồng thời đặt ra các hạt Thanh tra. Ngày 1 tháng 1 năm 1868, Thống đốc Nam Kỳ là Bonard quyết định đặt huyện Phong Phú thuộc hạt Sa Đéc, đồng thời lập Toà Bố tại Sa Đéc. Hạt Sa Đéc (phủ Tân Thành) đặt lỵ sở tại Sa Đéc gồm có 3 huyện: Vĩnh An, An Xuyên và Phong Phú. Vào thời điểm này ở huyện Phong Phú có 5 chợ chính là: Cần Thơ, Ô Môn, Bình Thủy, Trà Niềng và Cái Răng.

Ngày 30 tháng 4 năm 1872, Thống đốc Nam Kỳ ra Nghị định sáp nhập huyện Phong Phú với vùng Bắc Tràng (thuộc phủ Lạc Hóa, tỉnh Vĩnh Long trước đây) để lập thành hạt mới lấy tên là hạt Trà Ôn, đặt Toà Bố tại Trà Ôn. Một năm sau, Toà Bố từ Trà Ôn lại dời về Cái Răng. Ngày 5 tháng 1 năm 1876, các thôn đổi thành làng. Ngày 23 tháng 2 năm 1876, Thống đốc Nam Kỳ ra Nghị định mới lấy huyện Phong Phú và một phần huyện An Xuyên và Tân Thành để lập hạt tham biện Cần Thơ với thủ phủ là Cần Thơ.

Chính quyền thực dân Pháp về sau đã đổi tên gọi các đơn vị hành chính cấp hạt theo địa điểm đóng trụ sở. Đặc biệt, lúc bấy giờ từ việc địa danh "Cần Thơ" ban đầu chỉ là tên gọi trong dân gian để chỉ vùng đất thôn Tân An dọc theo con sông Cần Thơ, chính quyền thực dân Pháp đã chính thức hóa tên gọi "Cần Thơ" bằng những văn bản hành chính để chỉ địa danh cấp hạt và sau này là cấp tỉnh ở xứ Nam Kỳ: "hạt Cần Thơ", "tỉnh Cần Thơ". Ngoài ra, tên gọi nơi đặt lỵ sở hạt và sau này là tên gọi nơi đặt tỉnh lỵ cũng đều được gọi bằng địa danh "Cần Thơ".

Ngày 1 tháng 1 năm 1900, tất cả các hạt tham biện ở Đông Dương điều thống nhất gọi là "tỉnh", trong đó có tỉnh Cần Thơ. Tổng Định Bảo ban đầu trực thuộc tỉnh Cần Thơ. Tỉnh lỵ Cần Thơ đặt tại làng Tân An thuộc tổng Định Bảo.

Năm 1913, thực dân Pháp thành lập quận Châu Thành thuộc tỉnh Cần Thơ. Từ đó, tổng Định Bảo trực thuộc quận Châu Thành, vốn là nơi đặt tỉnh lỵ tỉnh Cần Thơ. Lúc bấy giờ, làng Tân An vừa đóng hai vai trò là nơi đặt quận lỵ quận Châu Thành và tỉnh lỵ tỉnh Cần Thơ.

Thời Pháp thuộc, vùng đất quận Ninh Kiều ngày nay tương ứng với làng Tân An, làng Thới Bình cùng thuộc tổng Định Bảo, quận Châu Thành, tỉnh Cần Thơ. Sau này, chính quyền thực dân Pháp cho giải thể làng Thới Bình và sáp nhập vào địa bàn làng Tân An. Bên cạnh đó, về sau làng An Bình cũng được thành lập do tách đất từ làng Tân An. Địa bàn làng Tân An khi đó vẫn bao gồm cả vùng đất phía nam sông Cần Thơ, tương đương với các phường Hưng Phú và Hưng Thạnh của quận Cái Răng ngày nay.

Giai đoạn 1956-1976

Việt Nam Cộng hòa

Sau năm 1956, các làng gọi là xã. Ngày 22 tháng 10 năm 1956, Tổng thống Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm ký Sắc lệnh 143-NV để "thay đổi địa giới và tên Đô thành Sài Gòn – Chợ Lớn cùng các tỉnh và tỉnh lỵ tại Việt Nam". Địa giới và địa danh các tỉnh ở miền Nam thay đổi nhiều, một số tỉnh mới được thành lập. Theo Sắc lệnh này, địa phận Việt Nam Cộng hòa gồm Đô thành Sài Gòn và 22 tỉnh. Lúc này, tỉnh Phong Dinh được thành lập do đổi tên từ tỉnh Cần Thơ. Tỉnh lỵ tỉnh Phong Dinh đặt tại Cần Thơ và vẫn giữ nguyên tên là "Cần Thơ", về mặt hành chánh thuộc xã Tân An, quận Châu Thành.

Vào thời Việt Nam Cộng hòa, trong giai đoạn 1956-1970, xã Tân An và xã An Bình cùng thuộc tổng Định Bảo, quận Châu Thành, tỉnh Phong Dinh. Lúc này, phần đất nằm ở phía nam sông Cần Thơ vốn trước đó thuộc xã Tân An cũng được tách ra để thành lập mới xã Thuận Đức. Sau năm 1965, cấp tổng bị bãi bỏ, các xã trực thuộc quận. Ban đầu, xã Tân An vẫn đóng hai vai trò là nơi đặt quận lỵ quận Châu Thành và tỉnh lỵ Cần Thơ của tỉnh Phong Dinh. Tuy nhiên, về sau quận lỵ quận Châu Thành lại được dời về Cái Răng, về mặt hành chánh thuộc địa bàn xã Thường Thạnh.

Ngày 30 tháng 9 năm 1970, theo Sắc lệnh số 115-SL/NV của Thủ tướng Việt Nam Cộng hòa Trần Thiện Khiêm, thị xã Cần Thơ được chính thức tái lập và là thị xã tự trị trực thuộc chính quyền Trung ương Việt Nam Cộng hòa, đồng thời kiêm tỉnh lỵ tỉnh Phong Dinh. Khi đó, thị xã bao gồm các xã Tân An, Thuận Đức, ấp Lợi Nguyên thuộc xã An Bình và ấp Bình Nhựt thuộc xã Long Tuyền cùng thuộc quận Châu Thành, tỉnh Phong Dinh trước đó.

Thị xã Cần Thơ khi đó gồm hai quận:

• Quận 1 (quận Nhứt) gồm năm phường: An Lạc, An Cư, An Nghiệp, An Hòa, An Thới.
• Quận 2 (quận Nhì) gồm ba phường: Hưng Lợi, Hưng Phú, Hưng Thạnh.

Như vậy, ngoại trừ các phường Hưng Phú, Hưng Thạnh thuộc quận Cái Răng và phường An Thới thuộc quận Bình Thủy ngày nay, các phường còn lại của quận 1 (quận Nhứt) và quận 2 (quận Nhì) khi đó đều thuộc địa bàn quận Ninh Kiều ngày nay. Đơn vị hành chính bên dưới trực thuộc phường là các khóm.

Chính quyền Cách mạng

Tuy nhiên phía chính quyền Mặt trận Dân tộc Giải phóng Miền Nam Việt Nam và sau này là Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam cùng với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không công nhận tên gọi tỉnh Phong Dinh mà vẫn gọi theo tên cũ là tỉnh Cần Thơ, đồng thời vẫn duy trì thị xã Cần Thơ trực thuộc tỉnh Cần Thơ trong giai đoạn 1956-1972.

Tháng 8 năm 1972, Thường vụ Khu ủy Khu 9 của phía chính quyền Cộng hòa Miền Nam Việt Nam và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa quyết định hình thành thành phố Cần Thơ trực thuộc Khu 9, là đơn vị hành chính cấp tỉnh ngang bằng với tỉnh Cần Thơ. Đồng thời, chính quyền Cách mạng vẫn duy trì các đơn vị hành chính cấp quận, phường và khóm bên dưới giống như phía chính quyền Việt Nam Cộng hòa cho đến đầu năm 1976. Sau năm 1975, chính quyền Cách mạng cho thành lập mới phường Cái Khế trên cơ sở tách đất từ phường An Hòa.

Giai đoạn 1976-2003

Theo Nghị định số 03/NĐ-76 ngày 24 tháng 2 năm 1976 và Quyết định số 17/QĐ-76 ngày 24 tháng 3 năm 1976, Chính phủ Việt Nam quyết định hợp nhất ba đơn vị hành chính cấp tỉnh ngang bằng nhau là tỉnh Cần Thơ, tỉnh Sóc Trăng và thành phố Cần Thơ để thành lập tỉnh mới với tên gọi là tỉnh Hậu Giang. Đồng thời, quận 1 (quận Nhứt) và quận 2 (quận Nhì) cũng bị giải thể, các phường xã trực thuộc thành phố do thành phố Cần Thơ lúc này chuyển thành thành phố cấp huyện, trực thuộc tỉnh Hậu Giang.

Ngày 21 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 174-CP[2] về việc chia một số phường xã thuộc thành phố Cần Thơ, tỉnh Hậu Giang. Lúc này vùng đất quận Ninh Kiều ngày nay có những thay đổi như sau:

• Chia phường An Lạc thành hai phường lấy tên là phường Tân An và phường An Lạc.
• Chia phường An Cư thành hai phường lấy tên là phường An Hội và phường An Cư.
• Chia phường An Nghiệp thành hai phường lấy tên là phường An Phú và phường An Nghiệp.
• Sáp nhập khóm 1 của phường An Hòa vào phường Cái Khế.
• Chia phường Cái Khế thành hai phường lấy tên là phường Thới Bình và phường Cái Khế.
• Chia phường Hưng Lợi thành hai phường lấy tên là phường Xuân Khánh và phường Hưng Lợi.

Ngày 26 tháng 12 năm 1991, Quốc hội Việt Nam ban hành Nghị quyết chia tỉnh Hậu Giang thành tỉnh Cần Thơ và tỉnh Sóc Trăng. Thành phố Cần Thơ khi đó đóng vai trò là tỉnh lỵ tỉnh Cần Thơ cho đến cuối năm 2003.

Từ năm 2004 đến nay

Ngày 26 tháng 11 năm 2003, Quốc hội Việt Nam thông qua Nghị quyết số 22/2003/QH11, về việc chia và điều chỉnh địa giới hành chính một số tỉnh. Theo đó, chia tỉnh Cần Thơ thành thành phố Cần Thơ trực thuộc trung ương và tỉnh Hậu Giang.

Ngày 02 tháng 01 năm 2004, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 05/2004/NĐ-CP[3] về việc thành lập các quận Ninh Kiều, Bình Thủy, Cái Răng, Ô Môn, các huyện Phong Điền, Cờ Đỏ, Vĩnh Thạnh, Thốt Nốt và các xã, phường, thị trấn thuộc thành phố Cần Thơ trực thuộc Trung ương. Nội dung về việc thành lập quận Ninh Kiều và các phường trực thuộc theo Nghị định như sau:

• Thành lập quận Ninh Kiều trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của các phường: Cái Khế, An Hòa, Thới Bình, An Nghiệp, An Cư, An Hội, Tân An, An Lạc, An Phú, Xuân Khánh, Hưng Lợi và xã An Bình (thuộc thành phố Cần Thơ cũ).
• Thành lập phường An Bình thuộc quận Ninh Kiều trên cơ sở toàn bộ 1.193,17 ha diện tích tự nhiên và 18.906 nhân khẩu của xã An Bình.

Quận Ninh Kiều có 2.922,04 ha diện tích tự nhiên và 206.213 nhân khẩu; có 12 đơn vị hành chính trực thuộc gồm các phường: Cái Khế, An Hoà, Thới Bình, An Nghiệp, An Cư, An Hội, Tân An, An Lạc, An Phú, Xuân Khánh, Hưng Lợi và An Bình.

Ngày 16 tháng 01 năm 2007, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 11/2007/NĐ-CP[4] về việc điều chỉnh địa giới hành chính xã, phường; thành lập phường, thị trấn thuộc các quận Ninh Kiều, Ô Môn và các huyện Phong Điền, Vĩnh Thạnh, thành phố Cần Thơ. Theo đó, thành lập phường An Khánh thuộc quận Ninh Kiều trên cơ sở điều chỉnh 441 ha diện tích tự nhiên và 7.731 nhân khẩu của phường An Bình. Phường An Khánh có 441 ha diện tích tự nhiên và 7.731 nhân khẩu.

Quận Ninh Kiều có 2.922,57 ha diện tích tự nhiên và 209.274 nhân khẩu, có 13 đơn vị hành chính trực thuộc gồm các phường: Cái Khế, An Hội, An Cư, Thới Bình, An Hoà, An Nghiệp, An Phú, Tân An, An Lạc, Xuân Khánh, Hưng Lợi, An Bình và An Khánh.

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, sáp nhập phường An Hội và phường An Lạc vào phường Tân An.[5]

Quận Ninh Kiều có 11 phường như hiện nay.